菱化システムがネビオン社の発現データ解析ソリューション

キュレーションされたデータを提供、バイオマーカー探索で効果

 2014.04.19−菱化システムは、スイスのネビオン社(フィリップ・ジマーマン社長)と販売代理店契約を締結し、バイオマーカー探索のためのバイオインフォマティクスツール「GENEVESTIGATOR」の販売を開始した。公共データベースからきれいな発現データを集めてまとめ上げており、強力でビジュアルな検索システムと統合したかたちで提供するもの。すでに、遺伝子とバイオマーカーの発見、ターゲット解析、ドラッグリポジショニングなどで実績があるという。創薬に関連したヒトや動物だけでなく、植物や微生物の発現情報も収録しているため、食品産業などでの導入例も多い。

 ネビオン社(Nebion)は、スイス連邦工科大学の研究グループがスピンアウトし、2008年に設立した企業。「GENEVESTIGATOR」には、クラウド環境で利用する「アドバンス版」と、企業のオンプレミス環境で利用できる「エンタープライズ版」の2種類があり、アドバンス版は4万人のユーザーが登録しているという。企業ユーザーには、ノバルティス、ロシュ、イーライリリー、バイエル、BASF、カーギル、シンジェンタ、フィリップモリス、ネスレなどが名を連ねている。

 きちんとキュレーションされたデータベースであることと、生物研究者にとって使いやすいユーザーインターフェースを備えていることが特徴。簡単な操作により、自分が注目している遺伝子が他にどんな組織で発現しているのか、また自分が注目しているターゲットにおいて他にどんな遺伝子の発現がみられるのかなどを解析することができる。

 エンタープライズ版は、ユーザーが社内のデータを統合して検索することができるほか、API(アプリケーションプログラミングインターフェース)を利用してスポットファイアーやジーンデータなどの外部プログラムでさらに高度なデータ解析を行うことも可能。菱化システムでは、このエンタープライズ版を中心に国内で販売していくことにしている。




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<関連リンク>:

菱化システム(科学技術システム事業部のトップページ)
http://www.rsi.co.jp/kagaku/cs/index.html

ネビオン(トップページ)
http://www.nebion.com/











GENEVESTIGATORのデータコンテンツ


2014年2月現在

  Studies Samples Conditions Genotypes Anatomy Neoplasm
Human 806 56,910 4,193 1,693 342 1,488
Mouse 351 7,213 549 362 207 5
Rat 157 23,578 5,763 38 120
Drosophilia 123 2,345 192 258 48
Arabidopsis 570 9,992 1,476 984 105
Barley 56 1,822 223 158 28
Rice 111 2,081 293 233 38
Wheat 46 1,442 352 146 22
Maize 37 742 62 66 34
Physcomitrella 6 74 25 3 5
Soybean 45 3,590 157 346 49
Tomato 28 450 54 44 14
Tobacco 4 150 4 4 9
Yeast 63 1,771 168 156 4
E.coli 21 617 118 90 0


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